一直没有立太子。这就让群臣们即便不满意皇帝，想要造反，也找不到可以依傍的合法主心骨。
由于立储事件让万历和大臣彻底决裂，君臣关系变得微妙，内阁出现了“人滞于官”和“曹署多空”的现象，很多官员开始罢工，纷纷递交辞呈。万历十三年（1585年）六月二十九，万历突然上朝了，却发现下面的朝臣稀稀拉拉的。少到什么程度呢？万历当即让鸿胪寺去查有多少人没来签到。内阁诸臣却也和万历拿腔拿调地磨洋工，表示：现在都散场了，没地方查去，你老人家等下次吧。历史上白纸黑字记录了这件事：二十九日戊辰，上视朝。文书官宋坤口传圣旨：“今日朝班十分人少。着鸿胪寺查。钦此。”该内阁回奏：“朝官各已散出，难以查点。合传与鸿胪寺申饬百官，今后如朝班人少，即请旨点名，合行本寺遵照施行。”
当时的礼部尚书冯琦在给万历皇帝的奏折中曾苦苦劝谏：“皇帝正值盛壮之年，正是理乱之会，若不将大小政务整顿一番，中外人心收拾一番，日复一日，盛年渐往，蛊惑益深，即欲挽不返之势于倦勤之余，亦无及矣...古称成汤改过不吝，非是圣人无过，惟圣人乃能改过耳。汉武帝垂老而悔，唐德宗经乱而悔，千古更有何人？以圣主当盛年，一日不悔即汉唐，一日悔即尧舜。章疏可一日发，缺官可一日补，百姓所不便者可一日罢也。陛下何惮一日之发，不以成万世之业，立万世之名乎？”
言辞恳切，动人心扉，而万历皇帝老方一帖，两手一摊，装聋作哑：“听不见！”
早在万历十年，朱翊钧就曾效仿他的祖父世宗的做法，玩出了“九嫔十俊”的花样。除此之外，万历皇帝贪财的名声在明代所有皇帝中可以说是无出其右。他查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。他还派出宦官担任矿监税使，四处搜刮民财。
朱翊钧怠政严重，致使朝政荒废，而内阁辅臣争斗不休，朝中党争不断，明廷财政危机，边防日弱，终于出现了东北建州女真势力崛起的苗头。万历四十四年（1616年），努尔哈赤在赫图阿拉称“覆育列国……
