189年，灵帝驾崩，刘辩继位被立为少帝。
执政的何太后之兄何进联络袁绍，杀宦官蹇硕。绍、进等密谋尽杀宦官，并召董卓入洛阳为援。当宦官杀何进，而绍又尽杀宦官之时，卓率兵入洛阳，尽揽朝政。他废黜少帝，另立刘协为帝，即汉献帝。
卓之专横激起了东汉朝臣和地方牧守的反对，酿成大规规模的内战。卓入洛阳后，绍出奔冀州，桥瑁假东汉三公名义，要求州郡兴兵讨伐卓，关东州郡纷纷响应。他们分屯要害，推绍为盟主，相机进攻卓。
190年，卓避关东兵锋，挟持献帝西迁长安。关东联军彼此欺诈并吞，不久就分崩离析了。193年长安兵变，卓被杀，关中混乱不已。
经过激烈的混战以后，到196年时，全国形成许多割据区域：袁绍占据冀、青、并三州，操占据兖、豫二州，韩遂、马腾占据凉州，公孙瓒氏辽东，陶谦、刘备、吕布先后占据徐州，袁术占据扬州的淮南部分，刘表占据荆州，刘璋占据益州，孙策占据扬州的江东部分，士燮占据交州。
此外，张鲁以道教的组织形式保据汉中地区，置祭酒以治民。
在这些割据者中，势力最强也最活跃的是袁绍和曹操。卓入洛阳后，曹操逃至陈留，聚兵反抗，成为关东联军的一支。他在济北诱降黄巾军三十万众，选其精锐，编为青州兵；又陆续收纳一些豪强地主武装。
建安元年，他把献帝迁到许县，取得了挟天子以令不臣之势；屯田续资。200年，曹、袁两军进行官渡之战，操以弱胜强，全歼袁军主力；又利用绍二子的矛盾攻占袁氏的邺城，相继占领青、冀、幽、并四州之地，统一了北方大部。
207年，曹军出卢龙塞，打败侵扰北方的乌桓。208年，曹军南下，攻占刘表之子刘琮所据的荆州。依托于荆州的刘备向南奔逃。鲁肃受孙权之命与备会晤，商讨对策，诸葛亮又受备之命，于柴桑与孙权结盟，共抗曹军。孙、刘联军以少胜多，大败曹军水师于赤壁，迫使曹军退回中原。促使形成三国鼎立局面。操北归以后，用兵于关中、陇西，把统一范围……
